سال 1360 پس از شهادت محمدعلی رجایی گروههای مختلف، آیتالله خامنهای را علیرغم مخالفت ایشان به عنوان نامزد خود برای سومین انتخابات ریاست جمهوری معرفی کردند. دهم مهر ۱۳۶۰ آیتالله خامنهای با کسب اکثریت مطلق آراء (۱۱/۹۵ درصد) به عنوان رئیس جمهور انتخاب شدند. این درصد آراء رکوردی در انتخابات ریاست جمهوری به ثبت رساند که پیش و پس از آن توسط هیچ نامزدی کسب نشد. ایشان دربارهی کاندیداتوری برای دور دوم ریاست جمهوری میگویند: «دورهی اول ریاست جمهوری تحمیل شد بر ما، هیچ، دورهی دوم دیگر یقیناً گفتم من قطعاً نامزد نمیشوم؛ اما امام به من فرمودند بر تو واجب عینی و تعیینی است. خب بنده هم برخلاف میل خودم قبول کردم و رفتم. درست این است که اگر چنانچه تکلیفی وجود ندارد، انسان نرود به سراغش. بله، اگر چنانچه به گردن انسان گذاشته شد، آنجا بایستی با قوت دنبال بکند.»